채린's datascience

OASIS-3 MR T1W이미지를 이용하여 치매관련 딥러닝 스터디를 시작하려고 한다.

OASIS-3이미지와 ADNI이미지 데이터 중 더욱 최신이고 다운로드가 간편한 OASIS-3이미지를 선택하였다.

앞서 연구하기전에 OASIS-3이미지를 다운받으려고한다.

OASIS-3이미지를 다운받으려면 아래 링크에서 권한 요청을 준비해야한다. 

그리고 데이터 엑세스 권한 요청으로 권한 요청을 받으면 몇시간 혹은 하루정도안에 권한을 받을 수 있다.

https://www.oasis-brains.org/

권한을 받고나면 아래 사이트에 접속하여 아이디와 패스워드를 설정하고 OASIS-3데이터에 접근한다.

https://central.xnat.org/data/projects/OASIS3

각 subject들은 한번 방문하지 않고 여러번 방문하며, 여러 타입의 MRI이미지를 생성해낸다.

아래 이미지는 subject의 clinical data로, 기존에 이미지를 찍기전에 수행한 설문지의 답변들로 구성한 데이터이다. 

또한 MRI관련 전체 인구에 대해서 한꺼번에 데이터를 다운받으려면

충분한 용량이 필요하기 때문에 우선 간단하게 'OAS30001'환자의 첫번째 MRI를 받아보려고 한다.

현재 해당페이지에 오른쪽을 보면 image download탭을 클릭하면 OASIS-3의 이미지 데이터 다운로드 창이 아래와같이 열린다.

여기서 우선 NIFTI파일로, T1w만 zip파일로 다운을 받으려고 한다. 환자는 OAS30001_MR_d0129이다. 

이후 이 데이터의 해마와 척수를 레이블링 해주기 위해서 FreeSurfer라는 프로그램을 사용할 것이다. 

FreeSurfer는 맥과 리눅스에서만 사용가능하다. 나는 맥에서 FreeSurfer를 다운받기 위해 아래 링크에 다운로드 데모 영상을 참고하였다. 

이제 친절한 데모영상을 보고 다운로드를 따라가면 된다! 매우 쉽다!

영상이 앞뒤로 움직이지 않을때는 다운로드하여서 오픈하면 영상을 자유롭게 볼 수 있다.

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads

MRI를 다루기 위해 FrreSurfer를 다운받고 몇가지 환경세팅을 해주어야 하는데 이 과정에서 bash스크립트를 간략히 작성할 줄 알아야한다.

===============bash 간단 문법==================

bash는 터미널이 동작하는 방식을 결정하는 쉘 스크립트 언어로

변수를 설정할 수 있습니다.

운영체제 변수는 운영체제에서 사용하는 변수이고, 

쉘변수는 터미널 내에서 변수를 의미합니다. 

뇌 이미지 영상을 이용하여 치매를 진단하는 머신러닝을 수행할 예정이다.

이번 연구를 진행하게 된 계기는 아래 두 논문을 읽으면서, 실제로 영상처리에 사용하는 영상전처리와 

모델경험을 위해 진행하게 되었다. 

1. CNN Model Performance Analysis on MRI Images of an OASIS Dataset for Distinction Between Healthy and Alzheimers Patients

2. Alzheimer Disease Detection in MRI Using Curvelet Transform with K-NN

간단히 초록을 제안하자면 아래와 같다.